中国科学院岛礁综合研究中心（以下简称“岛礁中心”）是中国科学院领导下的依托南海生态环境工程创新研究院建设运行的岛礁科技研究机构。设有美济主园区、永暑站、渚碧站。岛礁中心始建于2008年，其前身是中科院设立在永暑礁附近海域的海洋观测潜标站，主要开展水文、生态的长时序原位观测，支撑南海海区海洋动力与全球变化研究等。2015年，随着南海岛礁建设完成，中科院为更深入、系统、稳定地开展南海及其岛礁的海洋科学研究工作，在美济礁部署建设中科院岛礁综合研究中心，进一步完善科研条件与功能配置。 

岛礁中心设有生态、地质、环境等多个功能实验室，已经建成珊瑚礁生态原位观测系统、岛礁植被生态观测系统、地震原位观测系统、材料腐蚀试验场等研究设施，后续将重点开展海洋生态与环境、植被生态、地质稳态、淡水涵养、腐蚀环境等领域的研究。

面向未来，岛礁中心将进一步发挥区位优势，打造热带海洋环境和岛礁科技的原始创新策源地，在海洋酸化、珊瑚礁生态系统保护、微塑料污染和海洋灾害治理等方面产出更多海洋科技公共产品，服务于中国及南海周边国家，推动“海洋命运共同体”建设。